单细胞测序解决方案

服务介绍

艾名医学基于BD Rhapsody™单细胞平台和BD SeqGeq测序数据分析软件，可为客户提供从样本处理、全转录组分析(WTA)、下机数据到下游进阶的生信分析和数据解读的整体科研服务解决方案。此外，艾名医学还提供单细胞悬液质检、细胞上样率检测、细胞多态率检测、中间产物RPE Product浓度检测、文库质检等多个中间环节检测，分段质控可以降低成本，减少样本损失，为您的单细胞研究保驾护航。

实验原理

BD Rhapsody单细胞平台

服务流程

转录组单细胞产品服务流程（20-25天）

产品优势

收样类型

案例分享

单细胞测序表征胃癌异质性

我们对来自2例胃癌患者的肿瘤和癌旁组织的19000多个单细胞以及相应患者来源的胃癌类器官样本进行了一致性分析。基于BD Rhapsody系统高精度的单细胞RNA-Seq测序，经过质控后，保留16183个细胞的高精度单细胞转录组作进一步分析（图1 A）。我们通过SingleR对单细胞数据集中的细胞进行标记注释，将这些细胞分为九簇，分别被标记为B细胞、T细胞、内皮细胞、嗜酸性粒细胞、上皮细胞、成纤维细胞、造血干细胞、单核细胞、中性粒细胞 (图1B)，标志基因的表达也验证亚群注释的准确性，通过PTPRC（CD45）的表达证实样本中免疫细胞的富集，而CD3和CD8也标志着T细胞亚群的特异性（图1C）。同时这些结果还显示胃癌组织来源的类器官主要由上皮细胞组成，EPCAM高度集中，含有少量成纤维细胞（图1D）。与之不同的，胃癌和癌旁组织细胞类型丰富，免疫细胞尤其是T/B细胞在体内肿胃癌织和癌旁组织中强烈富集，但在肿瘤来源的类器官中能检测到的比例极低(图1E)。

这些结果表明：与胃癌组织相比，癌旁组织细胞组成具有一定的变化，并且表现出与肿瘤样本相似的细胞亚群组成。体外构建的肿瘤来源的类器官样本则一定程度上反映了体内肿瘤细胞的生物学特征和细胞亚群组成。